Запускаем инсталлятор Microsoft SQL Server Compact 3.5
Обычно файл называется SSCERuntime-ENU.msi

Также запускаем SSCEServerTools-ENU.msi.

Для 64 бит скачать тут.

Внимательно следим за версиями этих программ.

Для 64 версии есть особенности. Для Microsoft SQL Server Compact 3.5 в инсталляторе идут сразу два дистрибутива для версии 86 и для 64. При запуске инсталятора он просит указать путь для развертывания этих дистрибутивов. Файлы называются SSCERuntime_x86-ENU.msi и SSCERuntime_x64-ENU.msi соответственно. Запускать нужно по очереди. На данный момент последняя версия Microsoft SQL Server Compact 3.5 Service Pack 2. Потом запускаем SSCEServerTools_x64-ENU.msi

При запуске SSCEServerTools в Windows Server 2008 мы можем не пройти предварительный чеклист по причине отсутствия обратной совместимости IIS далее привожу пусть исправления проблеммы:

To work around this problem, follow these steps:

1. Install the Internet Information Services 6.0 (IIS 6.0) backward compatibility components. To do this, use one of the following procedures:
   • In Windows Server 2008, follow these steps:
     1. Click Start, click Administrative Tools, and then click Server Manager.
     2. In the left navigation pane, expand Roles, right-click Web Server (IIS), and then click Add Role Services.
     3. In the Select Role Services pane, scroll down to IIS 6 Management Compatibility.
     4. Click to select the following check boxes:
        • IIS 6 Metabase Compatibility
        • IIS 6 Management Console
     5. In the Select Role Services pane, click Next, and then click Install in the Confirm Installations Selections pane.
     6. Click Close to exit the Add Role Services Wizard.
   • In Windows Vista, follow these steps:
     1. Click Start, click Control Panel, click Programs and Features, and then click Turn Windows features on or off.
     2. Click Internet Information Services.
     3. Click Web Management Tools.
     4. Click IIS 6.0 Management Compatibility.
     5. Click to select the following check boxes:
        • IIS 6 Metabase
        • IIS 6 configuration compatibility
        • IIS 6 Management Console
     6. Click OK.